Cuiabá é a quinta capital do país com maior taxa de incidência de casos de Aids por 100 mil habitantes, de acordo com Boletim Epidemiológico do Ministério da Saúde, que registrou uma queda no número de diagnósticos nos grandes centros do Brasil entre os anos de 1997 e 2007. Na contramão, os casos dobraram nas cidades com menos de 50 mil habitantes. Enquanto a média nacional da taxa de incidência da doença em 2007 foi de 27,4, Cuiabá teve taxa de 35,7 por 100 mil habitantes. A Capital mato-grossense apresentou uma queda em 2006, com índice de 30,6, mas subiu no ano seguinte. Dados do Sinan mostram que de 1985 a 2008, Mato Grosso registrou 5.724 casos de Aids. Informações parciais de 2009 registram um total de 1.007 novos casos.
A análise nacional foi feita com base em casos registrados em 4.867 cidades onde foi notificada pelo menos uma ocorrência da doença (87,5% do total de municípios no país). De acordo com a pesquisa, a queda nos grandes centros urbanos entre 1997 e 2007 foi de 15%, com a taxa de incidência passando de 32,7 notificações para cada 100 mil habitantes para 27,4. Ao todo, 24 dos 39 municípios com mais de 500 mil habitantes registraram queda da doença considerada significativa. Cuiabá se manteve estável.
A coordenadora do departamento DST/Aids, Janaína Porto, da Secretaria Estadual de Saúde (SES), explica que a diminuição dos casos em 2006 pode ser um reflexo da ampla distribuição de preservativos feminino e masculino na rede. Ela destaca que o material era cedido de forma limitada, mas viu-se a necessidade dessa ampliação.
A forma de investigação e o acesso aos exames são apontados como razões para mais notificações de pacientes. A descoberta da doença reflete ainda na queda do número de crianças contaminadas pela transmissão de mãe para filhos, que ocorreu em todo país.