Na decisão que determinou o desmembramento do inquérito da operação Ararath, o ministro do Supremo Tribunal Federal (STF), Dias Toffoli, acatou a recomendação do procurador-geral da República, Rodrigo Janot, remetendo cópia dos autos para investigação de figuras políticas e do judiciário mato-grossense em cinco esferas da Justiça. Foi do próprio procurador a recomendação para que o Tribunal de Justiça de Mato Grosso (TJMT) prossiga às investigações acerca dos fatos atribuídos ao procurador-geral de Justiça de Mato Grosso, Paulo Prado. Também são investigados, no âmbito da Ararath, pelo Judiciário mato-grossense, o promotor Marcos Regenold e o juiz Roberto Teixeira Seror.
Um dos principais alvos da operação, o ex-secretário de Estado de Fazenda, Eder Moraes, já condenado a 69 anos de prisão por conta de uma das ações oriundas da Ararath, continua sendo investigado, assim como os demais denunciados sem prerrogativa por foro de função, na 5ª Vara da Justiça Federal em Mato Grosso.
Na mesma situação dele estão o ex-deputado José Geraldo Riva, o ex-conselheiro do Tribunal de Contas do Estado (TCE), Humberto Bosaipo, e o ex-governador Silval Barbosa (PMDB).Já os procuradores de Estado João Virgílio, Jenz Prochnow, Dorgival Veras de Carvalho, além do prefeito de Cuiabá, Mauro Mendes (PSB) e do deputado estadual Gilmar Fabris (PSD), são alvos da investigação que tramita no Tribunal Regional Federal da 1ª Região (TRF1).Ao Superior Tribunal de Justiça (STJ) foi remetida a cópia do processo para a investigação dos fatos atribuídos ao conselheiro do TCE, Sérgio Ricardo, e ao desembargador afastado Evandro Stábile.
Quando deflagrada pela Polícia Federal (PF) em maio do ano passado, a Operação Ararath chegou a contar com uma lista de cerca de 60 investigados entre pessoas físicas e jurídicas. As denúncias são de um esquema de crimes contra o sistema financeiro e lavagem de dinheiro num sistema de triangulação de pagamentos de empréstimos concedidos via factoring ao grupo político e ganharam força com a delação do empresário Gércio Marcelino Mendonça Junior, o Junior Mendonça.
Entre os documentos apreendidos nas investigações, principalmente na casa de Eder, foram encontradas listas indicando os destinatários de supostos pagamentos realizados com esses recursos, nas quais constariam como beneficiários os membros do Ministério Público Estadual (MPE) e do Judiciário.
Por meio de nota, Prado disse que seu nome foi citado em razão de uma suposta ligação entre o promotor de Justiça Marcos Regenold, que à época atuava no GAECO, e o réu Éder Moraes. São fatos antigos que foram devidamente esclarecidos no julgamento de Processo Administrativo Disciplinar (PAD) instaurado contra o referido promotor de Justiça, que foi absolvido pela Corregedoria Geral do Conselho Nacional do Ministério Público (CNMP). A decisão foi publicada no dia 24 de novembro de 2015.
O entendimento da Corregedoria Nacional do CNMP, cuja decisão foi amplamente divulgada pela imprensa mato-grossense, foi de que os autos não trouxeram nenhum fato que vislumbre qualquer violação administrativa ou penal do citado Promotor de Justiça.
O procurador-geral de Justiça afirma estar tranquilo por não existirem fatos novos, além dos que já foram investigados pela Corregedoria Nacional do CNMP e Corregedoria-Geral do Ministério Público. Esclarece, ainda, que a decisão do Ministro do Supremo Tribunal Federal não determina a realização de investigação a nenhum membro do Ministério Público, apenas remete o processo ao foro de origem reconhecendo que o STF não tem competência para dar andamento a matéria na esfera penal.