Mesmo alegando que a possibilidade do presidente nacional do PP, senador Francisco Dornelles ser vice na chapa encabeçada por José Serra do PSDB é grande, o vice-presidente nacional do PP, deputado Pedro Henry ponderou que a não existência do instituto da verticalização, que seria os regionais seguirem as decisões do Diretório Nacional, não deve pressionar a presença do PP no Governo do presidente Lula. "Nós fazemos parte da governabilidade e sempre estivemos com o atual governo, mas isso não nos atrela e nem nos obriga a estarmos no mesmo palanque nessas eleições", disse Pedro Henry.
Mesmo sem admitir, Pedro Henry faz parte da maioria da bancada progressista que está de pá virada com o ministro das Cidades, Márcio Fortes, membro da Executiva Nacional do PP que se nega a atender aos pleitos dos companheiros do partido sob alegação de dever satisfação apenas ao presidente Lula.
O recíproco desentendimento entre o ministro e deputados federais do PP em todos os Estados, levou a uma instabilidade do mesmo no cargo, e a presença do partido no apoio ao PT, que segundo a Coluna Painel da Folha de São Paulo, levou Márcio Fortes a liberar R$ 160 milhões em emenda, provavelmente sob o temor de perder o cargo por pressão dos deputados federais e da possibilidade do PP estar no palanque tucano.