Em 2009 a Secretaria de Fazenda quitou a última parcela do contrato firmado com o Instituto San Paolo di Torino em novembro de 1997 para financiamento de obras e serviços do Programa de Perenização de Travessias (pontes), dentre elas a ponte Sérgio Motta, que liga Cuiabá a Várzea Grande. Para quitar o empréstimo, o Governo do Estado desembolsou US$ 73,3 milhões, sendo US$ 55,4 milhões com amortização e US$ 17,9 milhões com juros, o equivalente a R$ 182,5 milhões.
Também em 2009 o governo terminou o pagamento de R$ 22,1 milhões emprestados em 1999 junto à União para o ressarcimento das perdas do Fundo de Manutenção e Desenvolvimento do Ensino Fundamental e de Valorização do Magistério (Fundef). Do total, somente na gestão do governador Blairo Maggi, foram pagos R$ 18,4 milhões.
Além de várias outras dívidas pagas, o governo renegociou o parcelamento de débitos provenientes das entidades da administração indireta estadual junto à Secretaria da Receita Federal do Brasil (RFB) e da Procuradoria-Geral da Fazenda Nacional (PGFN), nos moldes da Lei nº 11.941/2009. O resultado foi a redução de praticamente R$ 400 milhões de dívidas, de um montante de R$ 664 milhões, ou seja, 60%.
As dívidas são da Companhia de Saneamento do Estado (Sanemat), Centro de Processamento de Dados (Cepromat), Companhia Mato-Grossense de Mineração (Metamat), Empresa Mato-grossense de Pesquisa, Assistência e Extensão Rural (Empaer), Departamento Estadual de Trânsito (Detran) e Instituto de Metrologia e Qualidade de Mato Grosso (Imeq).