O Exército será parceiro do Tribunal Regional Eleitoral de Mato Grosso para garantir que 7.781 eleitores indígenas encontrem um ambiente seguro para o exercício do voto. O envio das Forças Armadas foi autorizado pelo Tribunal Superior Eleitoral (TSE) e atenderá 21 locais de votação situados em 12 municípios mato-grossenses.
A presidente do TRE-MT, desembargadora Maria Helena Póvoas, solicitou ao TSE o auxílio das Forças Armadas no dia da eleição com a finalidade de garantir o livre exercício do voto, a normalidade da votação e da apuração dos resultados. Foram selecionados os locais que em pleitos anteriores apresentaram animosidade e beligerância entre algumas etnias e exacerbadas disputadas políticas.
No município de Santa Terezinha será atendida a Escola Estadual Aldeia It'xala. Já em Barra do Garças a segurança será reforçada nos seguintes locais de votação: Escola Estadual Dom Felipo Rinaldi (Aldeia São Marcos); Escola Municipal Namukura (Aldeia Namukura); Escola Estadual Deputado Mário Juruna (Aldeia Nossa Senhora do Guadalupe).
Em Tangará da Serra a força federal atuará na Escola Municipal Indígena Zozoiterô, Aldeia Rio Verde, enquanto no município de General Carneiro receberá apoio a Escola Estadual Sagrado Coração de Jesus (BR-070 KM 240), Escola Municipal Marechal Rondon (Aldeia Central Marechal Rondon).
Na cidade de Campinápolis serão atendidas as seguintes escolas municipais indígenas, todas situadas em aldeias: Escola Municipal Santo Antônio; Escola Municipal Aldeiona; Escola Municipal Santa Clara; Escola Indígena Aldeia Estrela. Já em Juara, o apoio irá para a Escola Estadual Kayabi e Escola Municipal Nova Esperança.
Por fim, o exército também marcará presença em Confresa na Escola Estadual Tapi'itawa; São José do Xingu na Escola Estadual Bepkororoti; Poxoréu na Aldeias Indígenas situadas na BR 070; Brasnorte na Escola Estadual Myhyinymykyta Skiripi; Rondolândia na Escola Zawa Karey Pangyjy; e Paranatinga nas escolas municipais José Pires Uluco e Marechal Rondon.
Além das forças armadas, atuarão na segurança das Eleições Municipais 2016 as polícias Federal, Militar e Civil, sendo que a Polícia Federal atuará nos mesmos locais de votação atendidos pelo exército e outros 12, totalizando 33.
Além de Mato Grosso, o TSE autorizou o envio das Forças Armadas para os seguintes Estados: Rio de Janeiro, Alagoas, Rio Grande do Norte, Tocantins, Mato Grosso do Sul, Acre e Pará.
O apoio das Forças Armadas para garantir a lei e a ordem durante as eleições está previsto no artigo 23, XIV, do Código Eleitoral: "Compete, privativamente, ao Tribunal Superior requisitar a força federal necessária ao cumprimento da lei, de suas próprias decisões, ou das decisões que os tribunais regionais que o solicitarem, e para garantir a votação e a apuração".
A Resolução TSE nº 21.843/2004 regulamenta a requisição da Força Federal para apoio nas eleições. De acordo com a norma, os Tribunais Regionais Eleitorais deverão encaminhar ao TSE as relações das localidades onde se faz necessária a presença de tropas federais.
O decreto de 22 de agosto de 2016 autoriza o emprego das Forças Armadas para a garantia da ordem pública durante a votação e apuração das eleições de 2016.