O delegado Márcio Pieroni que até dias atrás chefiava a Delegacia Especializada de Homicídios e Proteção à Pessoa – foi afastado preventivamente de suas funções por determinação da Corregedoria Geral da Polícia Judiciária Civil de Mato Grosso por 60 dias diante da necessidade imperiosa de uma ampla e profunda apuração dos fatos, com a devida imparcialidade. Pieroni é acusado de ter engendrado, a partir de falsas informações, que o juiz Leopoldino Marques do Amaral, morto em 1999 no Paraguai, estaria vivo em um país da América do Sul, e solicitado uma nova exumação dos restos mortais do magistrado.
O afastamento temporário do delegado foi autorizado pelo Corregedor-geral, da Polícia Judiciária Civil, Gilmar Dias Carneiro em ato datado do dia 20 de maio.
Pieroni e o empresário Josino Guimarães, este último acusado de ser o mandante do assassinato do juiz e de ter ligações em processos de venda de sentenças para membros do Poder Judiciário de Mato Grosso, estão presos desde o último dia 09 por ordem da Justiça Federal de Mato Grosso. O delegado esta na sede do GOE – Grupo de Operações Especiais e Josino na Penitenciária da Mata Grande em Rondonópolis.
Além dos dois presos, o MPF também denunciou o irmão de Josino, Cloves Luiz Guimarães, Gardel Tadeu Ferreira de Lima e o detento Abadia Paes Proença, pelos crimes de formação de quadrilha armada, denunciação caluniosa, falsidade ideológica, fraude processual, interceptação telefônica para fins não autorizados em lei, quebra de sigilo funcional e violação de sepultura.
As acusações dizem respeito, segundo os procuradores responsáveis, à montagem de um "simulacro de investigação paralela", comandada pelo delegado Pieroni para tentar levantar suspeitas das provas que subsidiam o processo, em trâmite na Justiça Federal, em que Josino Guimarães é acusado de matar o juiz e pelo qual será julgado em breve por um Júri Popular.
O MPF, a JF e a diretoria do IML do Estado de MT não têm dúvida acerca da morte do juiz. Essa certeza vem de todos os exames realizados anteriormente – dois exames de autópsia, dois exames odontolegais, dois exames de DNA, realizados por peritos da Unicamp, em 1999 e 2006, quando ocorreu a primeira exumação, assim como que o exame de impressão digital e o reconhecimento pelos familiares.
Os advogados de defesa tanto de Márcio Pieroni, quanto de Josino Guimarães tentam sem sucesso relaxar as prisões no Tribunal Regional Federal da 1ª Região, sendo que para o delegado ainda não houve decisões, só pedidos de informações e protelações por parte dos próprios desembargadores-federais pelo qual os pedidos de Habeas Corpus passaram.
Já para o empresário, os pedidos foram duas vezes negados, e recentemente o Supremo Tribunal Federal julgou o conflito de competência que pairava a respeito do caso, ou seja, se as acusações de homicídio contra Josino Guimarães seriam apreciadas pela Justiça Estadual ou Federal. Esta última ficou com a competência.