A Procuradoria Geral da República manifestou convicção na denúncia feita ao STF, que embasou a decisão para prender o ex-secretário de Fazenda em Mato Grosso Eder Moraes, que ele tentou "redirecionar o foco das investigações a seus inimigos políticos. Não foram mencionados nomes de quem ele acusou ou tentou incriminar. Só Notícias teve acesso ao despacho judicial apontando que, após ter sido investigado em fase anterior da operação, ano passado, Eder procurou o promotor Marcos Regenold Fernandes, do GAECO do Ministério Público, para fazer denúncias alegando que iria colaborar com as investigações. O promotor o encaminhou para a Polícia Federal. Eder -que ocupava na época o cargo de chefe do Escritório de Mato Grosso- entregou documentos/provas que seriam de fraudes nos empréstimos feitos em um banco e teriam sido pagos com recursos públicos. Foi em dezembro de 2013, em Brasília. Mas os documentos entregues "não tinham relação com a Operação Ararath e se tratavam, na verdade, de documentos antigos, superficiais e desconexos entre si". "Verificou-se que Eder repassou dados que implicavam apenas atuais adversários políticos seus, na tentativa de clara de pautar a investigação" da polícia.
É citado ainda, no despacho, que Eder marcou dois depoimentos -em um deles estaria com Junior Mendonça (empresário sócio de postos envolvidos nos empréstimos fraudulentos cujos valores eram repassados para Eder) mas não compareceu. Em 4 anos, a partir de 2007, o esquema de empréstimos movimentou mais de R$ 65 milhões e seria destinado para campanhas eleitorais e políticos mato-grossenses.
"Ficou patente a deslealdade do pretenso colaborador quando este simula apresentação do Junior Mendonça a Polícia Federal e " por duas vezes, a última hora, cancela o evento". Em outro trecho do despacho consta que as ações de Eder tinham como escopo atrapalhar e tirar o focos da Operação Ararath.
No despacho do ministro Dias Toffoli consta ainda que há indícios de Eder ter participação na falsificação "de um requerimento do Ministério Público, da lavra do procurador Thiago Lemos de Andrade, em que supostamente se postularia a decretação da prisão preventiva em seu favor". O documento foi apreendido na casa de Eder e "denota a intenção de mobilização de pessoas em posição de influência no intuito de protegê-lo contra a investigação ora em curso".
Ainda no despacho do ministro consta que "há iguais indícios de que procurou o investigado (Eder) articular-se em ao menos duas ocasiões com o promoto de justiça Marcos Regenold Fernandes, em exercício no Grupo de Atuação Especial no Combate ao Crime Organizado do Ministério Público de Mato Grosso para obter proteção contra investidas investigatórias da instância federal em seu desfavor, conforme diálogos e mensagens de texto interceptadas por ocasião da realização de diligência em busca e apreensão em sua residência conforme autorizado pelo juízo da 5ª Vara Federal de Mato Grosso. Há finalmente iguais indícios que ele procurou, com o provável auxílio do promotor de Justiça Marcos Regenold Fernandes, tumultuar e desfocar a investigação em curso, conforme destacado pelo Parquet ao citar a informação policial 002/2014 NIP/SR/DPF/MT".
O ministro concluiu que mandou prender Eder porque, se ficasse em liberdade, ele iria mobilizar todos meios ao seu alcance para obstruir a elucidação da verdade, criando risco concreto para o êxito da investigação.