Onze anos depois, o Ministério Público Federal (MPF) volta a investigar a morte do juiz Leopoldino Marques do Amaral, assassinado em 7 setembro de 1999 após denunciar magistrados de Mato Grosso. O corpo foi localizado em Concepción, no Paraguai, próximo da fronteira com o Brasil. O juiz levou dois tiros na cabeça e foi parcialmente carbonizado. A nova investigação foi instaurada depois de descoberto um e-mail que cita personagens que não apareciam no inquérito, da que seria a verdadeira trama que resultou no assassinato do juiz.
A ordem para reabertura do caso partiu da procuradora da República Ludmila Bortoleto Monteiro, que ainda avalia as medidas que serão adotadas para apurar o caso. Ela confirma a reabertura do inquérito, mas evita comentar as providências tomadas. O e-mail citando novos personagens na suposta trama foi entregue de forma anônima ao MPF em 27 de maio.
Conforme A Gazeta revelou, o e-mail teria sido enviado pelo juiz aposentado José Geraldo Palmeira ao advogado Zaid Arbid às 11h38 do dia 9 de setembro de 1999, ou seja, dois dias depois de achado o corpo de Leopoldino. No e-mail, a pessoa que se identifica como Geraldo Palmeira pede providências a Zaid Arbid, que ficou mais conhecido por defender o "comendador" João Arcanjo Ribeiro. Ele alega que teme ser alvo de um atentado.
Na mensagem que utiliza endereços eletrônicos com nomes do juiz aposentado e do advogado, são citadas várias pessoas que não apareceram na investigação feita à época pelo MPF e pela Polícia Federal e que apontaram apenas para o envolvimento da ex-escrevente Beatriz Árias, do tio dela, Marcos Peralta, e do empresário Josino Guimarães.
Apesar do MPF não se manifestar sobre as supostas revelações do e-mail, chama atenção o fato de que a mensagem eletrônica revela as que seriam as últimas horas de Leopoldino. Diz que ele estava em um hotel e recebeu um telefonema de uma mulher alegando que um dos filhos dela se envolveu em uma tragédia. Ao tentar ajudar, o juiz teria sido sequestrado a 100 metros do hotel, foi levado para uma fazenda de um conhecido empresário de Cuiabá, morto e colocado num avião para ser desovado em um local que não desse pista da autoria.
Coincidência ou não, investigações oficiais da Polícia Federal mostram que Leopoldino foi visto pela última vez quando estava hospedado num hotel em Várzea Grande. Desde então surgiram várias teorias sobre como o corpo teria chegado ao Paraguai. Ao falar dos envolvidos, são citados no e-mail os nomes do sargento Jesus (assassinado em 2003), três pessoas identificadas apenas como Paulinho, um ex-agente da Polícia Rodoviária Federal conhecido como Fortes e João. Esse último teria usado o telefone para mandar a mulher ligar para Leopoldino pedindo socorro.
O filho mais velho do juiz assassinado, Leopoldino Marques do Amaral Júnior, hoje com 36 anos, afirma que a família deixou de buscar informações sobre o caso depois que Beatriz Árias e Marcos Peralta foram condenados pelo crime em 2001. Leopoldino chamou atenção do país ao denunciar à CPI do Judiciário crimes como venda de sentenças em Mato Grosso e contratação ilegal de parentes de magistrados.
Outro lado – O advogado e o juiz aposentado não não retornaram as ligações para comentar o assunto.