A Federação Paulista de Futebol divulgou a tabela de jogos e o regulamento da Copa São Paulo de Futebol Júnior de 2013, que terá início no dia 4 de janeiro e encerramento no dia 25, data do aniversário da cidade de São Paulo. O REC caiu no grupo E, juntamente com América (SP), Flamengo (RJ) e Santos (AP), e joga a primeira fase em São José do Rio Preto. Sua estreia será no dia 5, às 21h, contra a equipe do Flamengo. Já o União completa o grupo M, composto por São Carlos (SP), Guaicurus (MS) e São Paulo (SP). A primeira fase será disputada na cidade de São Carlos. Sua estreia será no dia 4, contra a forte equipe do São Paulo, às 21h.
As cem equipes que competirão foram dividas em 25 grupos na primeira fase e, cada grupo, terá sede em uma cidade diferente. Serão seis fases ao todo. Na primeira, os clubes jogam entre si, dentro do grupo, em turno único. Classificam-se o time que obtiver o maior número de pontos em cada grupo e os sete melhores segundos colocados da primeira fase. A partir da segunda fase, a disputa será feita por eliminatória simples (apenas um jogo) até se chegar a final.
Neste ano, o título ficou para o Corinthians, que venceu o Fluminense, pelo placar de 2 a 1. A equipe do REC fez uma boa campanha, chegando até as oitavas de final e revelou o atleta Valdívia, artilheiro da competição. O Sinop foi o outro representante do Estado, no certame, porém não passou da primeira fase, empatando uma e perdendo duas.