O Cuiabá Esporte Clube confirmou participação em pelo menos duas competições na temporada 2013. Uma delas é Campeonato Mato-grossense de Futebol da Primeira Divisão, previsto para acontecer entre janeiro e maio, e outra, o Campeonato Brasileiro de Futebol da Série C, que deve começar em setembro e encerrado em outubro. Até início do ano que vem, o time está de recesso.
A última competição do Cuiabá este ao foi a Série C, da qual por pouco, em uma campanha modesta, escapou do rebaixamento. Na última partida, no final de fevereiro, empatou, em 2 a 2, com o Salgueiro (PE), jogando na casa do adversário. O time ficou em oitavo do grupo, com 20 pontos. Os autores dos gols do Dourado foram Ewerton Maradona aos 16 minutos do primeiro tempo e, por Joelson, aos 25 da etapa complementar. Já do time adversário, Júnior Ferrim e Clébson foram os marcadores, aos 22 do primeiro tempo e 38 do segundo, respectivamente.
Já no Estadual deste ano, Cuiabá chegou à final com o Luverdense, que levou a melhor, em maio. O alviverde venceu nos pênaltis, marcando 3 a 0.