Entre as novidades para a edição da Copa do Brasil do próximo ano estão a disputa das duas primeiras fases em jogo único. A renda será dividida em 60% para o classificado e 40% para o eliminado e a entrada dos campeões da Copa Verde, Copa do Nordeste e Campeonato Brasileiro da Série B na fase de oitavas de final, junto com os sete participantes da Taça Libertadores.
Somadas as oito fases da competição, a Copa do Brasil terá 91 clubes participantes – destes, três são de Mato Grosso: Luverdense (campeão estadual), Sinop (vice-campeão) e o Cuiabá (campeão da Copa FMF). Ao todo, 120 partidas serão realizadas.
Na 1ª fase são 80 clubes – sendo 70 clubes oriundos das competições estaduais e dez pelo Ranking de Clubes da CBF. Esta fase será em jogo único (40 jogos). Sorteio para definição dos confrontos. Em cada confronto os times melhores ranqueados visitam os de pior ranking. A vantagem do empate para os visitantes. Classificam-se para a 2ª fase os vencedores dos confrontos (total de 40 clubes)
A 2ª fase terá 40 clubes e também em jogo único (20 jogos). Os confrontos seguem o diagrama e o mando de campo será definido por sorteio. A divisão de renda será de 60% para o classificado e 40% para o eliminado. Classificam-se para a 3ª fase os vencedores dos confrontos (total de 20 clubes)
A 3ª fase terá 20 clubes e serão realizados jogos de ida e volta (20 jogos). Haverá sorteio para definição dos mandos de campo e a partir desta fase entra o critério do gol qualificado. Os vencedores avançam.
A 4ª fase terá dez clubes e também em jogos de ida e volta (10 jogos). Também haverá sorteio para definições dos confrontos e dos mandos de campo
Já na 5ª fase (oitavas de final) são 16 clubes: os cinco clubes classificados na fase anterior; os sete clubes participantes da Taça Libertadores de 2017; o campeão da Copa Sul-americana de 2016 (Associação Chapecoense de Futebol, aguardando confirmação por parte da CONMEBOL); os campeões de três competições da CBF em 2016: Copa do Nordeste, Copa Verde e Campeonato Brasileiro da Série B. Os jogos são de ida e volta.
A 6ª fase (quartas de final) terá com oito clubes com sorteio para definições de confrontos e de mandos de campo
A 7ª fase (semifinal) terá quatro clubes com jogos de ida e volta e sorteio para definição dos mandos de campo
A 8ª fase (final) será entre dois clubes também em dois jogos e com sorteio para definição dos mandos de campo. Não há o critério do gol qualificado.