A Educação Superior, por ser uma modalidade de ensino de responsabilidade do Governo Federal, passou por algumas ressalvas ao ser aprovada na Plenária Geral da “1ª Conferência do Plano Estadual de Educação – Construindo Cidadania pela Educação”.
Durante a votação do texto final, que irá fazer parte do Plano Estadual de Educação, ficou definido a ampliação de vagas para o Ensino Superior em Mato Grosso. Contudo, foi levantada a necessidade da participação da União.
Na ocasião, também foi apresentada a meta 15, que prevê a promoção de programas de pós-graduação nas instituições de ensino superior, com vista à formação de profissionais da educação para o sistema de ensino.
Atualmente o Estado mantém instituições de ensino superior: a Universidade do Estado de Mato Grosso (Unemat), a Fundação de Ensino Superior de Nova Mutum e a Academia de Polícia Militar “Costa Verde”. Também atuam no Estado, a Universidade Federal de Mato Grosso (UFMT) e 42 instituições privadas.
Até o momento já foram aprovados os seguintes temas: Educação Profissional e Tecnológica, Educação para as Relações Étnico-Raciais e Educação Superior.