Mato Grosso foi um dos seis Estados que passaram pela auditoria da Controladoria-Geral da União (CGU), durante o 6º programa de fiscalização.
Os auditores constataram que equipamentos adquiridos pelo Museu Histórico do Estado em setembro de 2006, para a reestruturação e modernização do prédio, ainda não haviam sido instalados até setembro de 2007. Entre eles, estão um aparelho de ar condicionado e um bebedouro. Os recursos para a compra dos equipamentos foram repassados pelo Ministério da Cultura, no valor total de R$ 82,6 mil.
Em todos os Estados, foram fiscalizados recursos da ordem de R$ 260 milhões, repassados pela União para a execução descentralizada de programas federais. Os relatórios foram encaminhados, para as providências cabíveis, aos ministérios gestores e outros órgãos responsáveis, como TCU e Procuradoria-Geral da República.