Após confirmar na última semana os três clubes de Mato Grosso para a disputa da Copa Verde, a Confederação Brasileira de Futebol modificou os representantes após desistências e alterações nos 24 clubes aptos a disputarem a competição. Com isso, o Estado será representado por Cuiabá (Campeão Mato-grossense 2019), e pelos dois melhores ranqueados no Ranking Nacional de Clubes – Luverdense (40º RNC) e Sinop (81º RNC). A competição começa no dia 20 de janeiro e garante ao campeão vaga na 3ª fase da Copa do Brasil.
Devido a desistência do São Raimundo (PA), na última segunda-feira, que está na posição número 80 do ranking de clubes da CBF, a entidade chamou para ocupar a vaga o próximo classificado que é o Sinop, número 81º do RNC. Com isso, o Operário Várzea-grandense ficou de fora da competição.
O primeiro critério de disputa da Copa Verde é ser campeão de cada um dos 12 estados que disputam a competição. Sendo assim, o Cuiabá Esporte Clube será o primeiro representante de Mato Grosso.
Após o preenchimento das 12 primeiras vagas, o segundo critério estabelecido pela CBF é conceder seis vagas aos melhores ranqueados, que não foram campeões ou indicados em seus Estados. Na 40ª colocação do ranking nacional, o Luverdense ocupou uma destas vagas.
Após a desistência de alguns clubes, entre eles o Goiás-GO (20º) e São Raimundo-PA (80º), a CBF indicou o Sinop (81º) para definir os classificados pelos segundo critério de indicação para a disputa da competição. Depois de preenchido o segundo, o terceiro critério adotado pela entidade é a indicação de uma vaga para as seis melhores federações ranqueadas.
Porém, para a Federação Mato-grossense de Futebol, que seria a 3ª melhor ranqueada na disputa, a indicação só poderia acontecer se não fossem ocupados duas vagas no segundo critério. Por não poder indicar um representante no critério 3, o Clube Esportivo Operário Várzea-grandense, que teria a vaga por ser vice campeão estadual em 2019, acabou ficando fora da Copa Verde, mesmo que a CBF tenha confirmado anteriormente dentro da disputa.