O Ministério Público Federal (MPF) justifica seu posicionamento acerca da retirada dos não índios da Terra Indígena Maraiwãtsédé e argumenta que as decisões que reconhecem a área como terra tradicionalmente ocupada pelo povo indígena, ainda que não transitadas em julgado, constituem decisões de mérito proferidas em 1º e 2º grau de jurisdição. E que os recursos interpostos não possuem efeito suspensivo, razão pela qual impõe-se o cumprimento das decisões judiciais, o que foi determinado pelo Tribunal Regional Federal 1 no acórdão de 2010: "de modo que os autores estão autorizados a adotar as providências necessárias ao cumprimento do julgado".
Conforme a Fundação Nacional do Índio (Funai), o povo xavante ocupa a área Marãiwatsédé desde a década de 1960. Naquela época, a Agropecuária Suiá-Missú instalou-se na região. Em 1967, índios foram transferidos para a Terra Indígena São Marcos, na região sul de Mato Grosso, e lá permaneceram por cerca de 40 anos.
O ano de 1998 marcou a homologação, por decreto presidencial, da terra indígena. No entanto, sucessivos recursos impetrados na Justiça marcam a divisão de lados entre os produtores e indígenas. A Funai diz que atualmente os índios ocupam uma área que representa apenas 10% do território a que têm direito.
O reconhecimento da tradicionalidade da ocupação indígena e sua delimitação é fruto não apenas de laudo antropológico realizado pela Funai no bojo do processo administrativo de demarcação da terra indígena, mas também de perícia realizada em juízo nos autos da ação civil pública nº 95.00.00679-0 que correu na 5ª Vara da Seção Judiciária de Mato Grosso.
Em junho de 2011, o TRF 1, por decisão do desembargador Fagundes de Deus, suspendeu o cumprimento da decisão de desintrusão da área diante da aprovação de projeto de lei da Assembleia Legislativa de Mato Grosso, que propôs a permuta de Marãiwatsédé por uma área dentro do Parque Nacional do Araguaia. As lideranças indígenas, Advocacia Geral da União, Funai e MPF se manifestaram contrárias à permuta. Para o ministério, além de contrariar as normas constitucionais, a permuta incentivaria a invasão de terras indígenas e sujeitaria os índios a verem suas terras de abundantes recursos naturais serem substituídas por outras de menor valor.
Deve-se considerar que a relação dos índios com suas terras possui um significado manifestamente diverso daquele existente com os integrantes da sociedade hegemônica. Com efeito, a terra não constitui simples moradia para os indígenas, mas representa um elo que mantém a união de seus integrantes, permitindo sua continuidade ao longo do tempo e possibilitando a preservação de sua cultura, de seus valores e de suas tradições. Ao ser privado de seu território tradicional, o grupo indígena perde seu maior referencial, tende a dispersar e corre sério risco de desaparecer. Preocupante conceber uma comunidade de índios como um objeto que pode ser descolocado para um outro espaço, a depender dos interesses econômicos em jogo.
Em maio de 2012, o TRF 1, em decisão do desembargador Souza Prudente, após analisar o argumento de todos os envolvidos na disputa da área, revogou a decisão do desembargador Fagundes de Deus que que suspendia a desintrusão, por rejeição da permuta pelas partes, determinando novamente o cumprimento da sentença de 2007 e o acórdão do TRF 1 de 2010 para que a desintrusão fosse realizada.