A Justiça Federal acatou o pedido do Ministério Público Federal (MPF), unidade de Barra do Garças, e decretou a prisão preventiva de três indígenas da etnia Bororo detidos em flagrante realizando pedágio na BR-070. Ao todo, nove pessoas haviam sido detidas no dia 30 de maio, entre elas dois menores que foram encaminhados à delegacia da Polícia Civil. Os outros quatro detidos tiveram concedida a liberdade provisória.
O procurador da República em Barra do Garças, Rafael Guimarães Nogueira, já havia determinado a instauração de um inquérito policial junto à Polícia Federal e que fosse feita a prisão em flagrante dos indígenas encontrados realizando pedágio, exigindo dinheiro dos motoristas. 
Com a detenção dos indígenas, o MPF solicitou a prisão preventiva apresentando registros feitos pela PRF de denúncias de agressão aos veículos com borduna, cobranças sob ameaça, relatos de indígenas armados com facões, bordunas e visivelmente embriagados, entre outros. “O MPF chama a atenção para a gravidade dos fatos e para a inconteste materialidade, seja pelas provas flagranciais, seja pelas provas que ora se requer juntada. Sobre a autoria, há indícios fortíssimos do flagrante, tendo os presos confirmado a participação dos bloqueios e cobrança, todavia, negando a ameaça. Sobre a ameaça, aponta-se a existência de arco e flecha, barra de ferro, pedaços de madeira e troncos como elementos intimidadores idôneos para incutir o medo. A alegação de que o arco e flecha apreendidos seriam para presentear os motoristas é risível”, cita o documento da decisão judicial.
O MPF também ressaltou que fica evidente a possibilidade de confrontos e animosidade com motoristas, com riscos de atropelamento, lesões e mortes de autores e vítimas. “Esses são elementos mais que suficientes para decretação da prisão preventiva para garantia da ordem pública, inexistindo qualquer outra medida cautelar suficiente para, neste momento, garantir a cessação do ilícito”.
Nogueira deixa claro que, tão logo concluído o inquérito policial, em 15 dias, e após a visita do MPF à terra indígena Merure, com a produção de novas provas, será imediatamente reavaliada a necessidade da manutenção da prisão.
A prisão preventiva foi decretada pelo juiz federal de Barra do Garças Francisco Vieira Neto durante audiência de custódia. As quatro pessoas que tiveram liberdade provisória decretada terão que cumprir as seguintes condições: proibição de aproximarem-se a distância inferior a 100 metros da margem da BR 070 no trecho que corta as aldeias; obrigação de comparecerem em juízo ou em polícia sempre que intimados; fornecimento de telefone de contato no ato da assinatura do termo de compromisso; a advertência de que o descumprimento de qualquer das providências implicará na decretação de prisão preventiva.
O procurador da República, Rafael Guimarães Nogueira informou ainda que, um dia após a prisão dos indígenas, foi realizada uma reunião com representantes do Distrito Sanitário Especial Indígena (DSEI) Cuiabá, da Coordenação da Fundação Nacional do Índio (FUNAI) em Cuiabá e Xavante, da Procuradoria da Funai, da Polícia Rodoviária Federal (PRF) e do povo Bororo. Durante a reunião foi discutida a situação da etnia Bororo na TI Merure, os impactos causados pela rodovia BR-070 sobre a população indígena e os constantes fechamentos da rodovia por membros da etnia.
Ao fim do encontro, foi decidido pela instauração de inquérito civil com o objetivo de apurar a situação social da TI Merure e os problemas de alcoolismo entre os membros da etnia Bororo”. A portaria de instauração do inquérito foi publicada no Diário Eletrônico do MPF no dia seis de junho, sob a portaria nº 37, assinada pelo procurador da República, Rafael Guimarães Nogueira