O Tribunal de Contas da União determinou arquivamento de representação da Secretaria de Controle Externo em Mato Grosso, que apontava irregularidades no pregão para registro de preços, visando compra de carros, da coordenação Norte da Fundação do Índio, em 2013. Os ministros entenderam ter sido prejudicada a análise devido anulação da concorrência feita pelo próprio órgão.
Contudo, o TCU determinou ciência à Funai sobre as irregularidades encontradas. Entre elas, a exigência de que os veículos ofertados possuíssem concessionárias ou mecânicas autorizadas para realizar revisões especificamente em Sinop, Alta Floresta e Colíder, destacando ser potencialmente restritiva à competitividade do certame. Outra foi quanto a exigência de, no mínimo, dois atestados de capacidade técnica, emitidos a partir de 2012, declarando que a licitante já forneceu ou estava fornecendo os veículos, frisando ser excessivo o pedido.
O TCU ainda destacou contradição quanto ao local de entrega dos veículos, inclusão injustificada do item rádio AM/FM, com CD player e MP3, na descrição, frisando ser acessórios que, a princípio, são desnecessários ao serviço público; não inclusão, na pesquisa de preços que subsidiou a elaboração do Termo de Referência, dos preços praticados no âmbito dos órgãos e entidades da Administração Pública.