O Flamengo anunciou que Caio Júnior não comanda mais a equipe. A confirmação veio após uma reunião entre o presidente Kleber Leite e o procurador do treinador, João Francisco. Ambas as partes chegaram a um acordo, e não haverá pagamento de multa rescisória.
O contrato de Caio Júnior com o Flamengo se encerrava no fim de 2009, porém o clima entre o ex-treinador, torcida e diretoria não era dos melhores. Desde antes do fim da competição, já era clara a saída de Caio da Gávea. A torcida protestava contra o trabalho do técnico e a diretoria mostrava-se insatisfeita com a queda de rendimento do time na reta final do Brasileirão.
Porém o treinador não ficará desempregado por muito tempo, pois Caio está muito próximo de acertar com o Vissel Kobe, do Japão. O substituto de Caio Júnior no Flamengo ainda não foi confirmado, entretanto muito se especulou nesta segunda-feira o nome de Carlos Alberto Parreira. Outro nome forte é o de Cuca, que não trabalha desde sua demissão no Fluminense. Outra alternativa são os dois nomes trabalharem juntos: Parreira como coordenador técnico e Cuca como o treinador.
Caio Júnior chegou ao Flamengo no dia 8 de maio de 2008, em substituição a Joel Santana, que aceitou convite para treinar a seleção da África do Sul. Quando assumiu o cargo, a equipe estava prestes a estrear no Campeonato Brasileiro.
Antes de sua estréia, o time sofreu um duro revés na Copa Libertadores. Pelas oitavas-de-final, foi derrotado por 3 a 0 pelo América, do México, e acabou eliminado, mesmo tendo vencido o primeiro jogo, fora de casa, por 4 a 2.
Depois de um bom começo, a equipe viveu momentos de instabilidade no Brasileiro. Jogadores importantes, como o atacante Marcinho, foram vendidos para os clubes do exterior na metade do campeonato, o que contribuiu para que a série de resultados positivos acabasse. No final, Caio Júnior deixa a Gávea com o retrospecto de 38 jogos, 18 vitórias, 10 empates e 10 derrotas.