Mato Grosso foi um dos oito Estados brasileiros que participarm da sétima edição do Programa de Fiscalização a Partir de Sorteios Públicos da Controladoria-Geral da União (CGU). Foram fiscalizados recursos da ordem de R$ 672,5 milhões, repassados pela União para a execução descentralizada de programas federais. A área da saúde foi escolhida para a fiscalização.
Segundo relatório da CGU, em Mato Grosso foi constatado que, em 2007, o valor pago por medicamentos excepcionais pela Secretaria de Saúde do Estado foi maior do que o preço máximo de venda ao governo (PMVG) nas compras desses medicamentos. Em análise efetuada pelos fiscais, na aquisição de 17 medicamentos excepcionais, no período de 11 de junho a 31 de outubro de 2007, apurou-se uma diferença a maior no montante de R$ 1,5 milhão, entre o valor pago pela pasta e o praticado pelo governo.
Problemas em relação as condições de armazenamento dos medicamentos, geralmente inadequadas; prazos de validade de medicamentos vencidos, também foram constatos nos Estados vistoriados.
Os resultados foram encaminhados ao Ministérios da Saúde; à Procuradoria-Geral da República; ao Tribunal de Contas da União; à Câmara dos Deputados (Mesa Diretora e Comissão de Fiscalização Financeira e Controle); ao Senado Federal (Mesa Diretora e Comissão de Fiscalização Financeira e Controle); à Procuradoria-Geral de Justiça do Estado; à Procuradoria da República no Estado; ao Tribunal de Contas do Estado; ao Governo Estadual e à Assembléia Legislativa do Estado, para que sejam tomadas as medidas cabíveis.